クロック調整ブロック <netlist_element> は、デジタルスキュー調整用に設定され、PHASESHIFT_MODE=WAVEFORM が指定されています。この組み合わせはサポートされておらず、タイミング解析は PHASESHIFT_MODE = LATENCY として続行されます。指定されたセルの設定を PHASESHIFT_MODE= LATENCY に変更し、PHASESHIFT_MODE=WAVEFORM に反するタイミング制約が記述されないようにしてください。