--silentconfig オプションを使用すると、以前のコンフィギュレーションを再利用できます。以前のコンフィギュレーションは、自動アップデートに指定されたコンポーネントを含むディレクトリ内に CONFIG.old というファイル名で保存されています。
システム レベルのコンフィギュレーション メニューを開かずに設定を変更できます。<plnx-proj-root>/project-spec/configs/config ファイルに直接変更を加えて、petalinux-config --silentconfig を実行してください。